Dilaksanakannya otonomi daerah sebagai jalan untuk memberdayakan daerah dan masyarakatnya memang telah mendapat sambutan luas. Sambutan luas ini khususnya datang dari pimpinan pemda Kabupaten/Kota karena otonomi tersebut diletakkan pada tingkatan daerah tersebut.

Dengan dilaksanakannya otonomi daerah seperti ini, memang terkesan bahwa pemerintah pusat telah memenuhi tuntutan sebagian besar masyarakat daerah. Namun demikian, dalam pelaksanaannya, otonomi daerah ini seringkali menimbulkan kebingungan bukan saja bagi pelaksana pimpinan-pimpinan daerah tetapi juga membingungkan masyarakat dunia usaha, terutama yang berkaitan dengan kewenangan memutuskan suatu kegiatan usaha. Dengan berlakunya otonomi daerah seperti sekarang ini, tidak memicu perkembangan dunia usaha khususnya UKMK tetapi justru malah memperlambat. Sebelum otonomi daerah diberlakukan, untuk mendirikan suatu usaha diharuskan melewati 17 meja. Namun setelah berlakunya otonomi, di beberapa daerah bahkan diharuskan melewati hingga 43 meja birokrasi.

Kelemahan-kelemahan dari pelaksanaan otonomi daerah seperti sekarang ini, terutama karena ada keterputusan antara wawasan atau visi nasional dengan visi daerah, yang disebabkan karena tidak tertibnya tingkatan-tingkatan dalam otonomi daerah tersebut. Kita tahu bahwa dalam UU No. 22 tahun 1999 disebutkan bahwa tidak ada hirarki antara propinsi dengan kabupaten/kota. Hal ini berarti pemda kabupaten/kota tidak merasa perlu untuk berkoordinasi dengan pemda propinsi.

Para bupati/walikota saat ini lebih baik berhubungan langsung dengan pemerintah pusat khususnya Departemen Keuangan untuk bisa mendapatkan Dana Alokasi Umum (DAU) dan Dana Alokasi Khusus (DAK). Karena itu tidak perlu heran kalau di kantor Departemen Keuangan berkeliaran para calo dari berbagai kabupaten/kota untuk bisa mendapatkan DAU dan DAK sesuai keinginan daerahnya, dan tidak memperdulikan lagi rencana pemerintah propinsi. Bahkan dengan menganggap bahwa kabupaten/kota adalah wilayah yang sangat otonom, seringkali perda-perda yang dihasilkan tidak saja bertentangan dengan wawasan propinsi tetapi juga bertentangan dengan wawasan nasional!

Karena itu, yang terjadi kemudian bukanlah sumbangan peradaban sosio-kultural suatu daerah kepada Indonesia Raya tetapi malah terbenamnya peradaban sosio-kultural daerah itu sendiri, dengan tidak adanya sinergi sosio-kultural antara kabupaten/kota dalam suatu wilayah propinsi. Wilayah kesatuan sosio-kultural sesungguhnya berada pada tingkat propinsi walaupun boleh jadi jumlah propinsi tersebut bisa diperbanyak hingga mencapai 40 buah atau bahkan lebih.

Secara umum, akibat dari pelaksanaan otonomi daerah seperti ini, disadari ataupun tidak, akan menjadikan politik pecah belah di antara berbagai tingkatan pemerintahan, yang pada akhirnya mereka menghamba kembali kepada pemerintah pusat. Seringkali kita mendengar kabar bahwa dalam rapat-rapat koordinasi yang diadakan gubernur, para bupati cukup mewakilkan kepada kepala dinasnya saja. Demikian juga telah terjadi kecemburuan suatu kabupaten kepada kabupaten yang lainnya dalam suatu propinsi, karena menganggap salah satu kabupaten tersebut terdapat sumber daya alam yang bernilai tinggi. Jelaslah bahwa sistem otonomi yang demikian, selain akan menimbulkan kekacauan wawasan nasional dalam pembangunan, juga akan membuat pelaksanaannya menjadi terhambat!n